東京芸術大学作曲科から同大学院オルガン科に進み、スウェーリンク音楽院でチェンバロとオルガンを学ぶ。1990年、オリジナル楽器アンサンブルと合唱団〈バッハ・コレギウム・ジャパン〉（BCJ）を結成、J.S.バッハの宗教音楽作品を中心に国内外で幅広く活動を続ける。
スウェーデンBIS社より70点を超えるCDをリリース。特にBCJの〈J.S.バッハ：教会カンタータ・シリーズ〉は、数少ない全曲録音企画として世界的に注目を集めており、オルガン、チェンバロ奏者としても〈バッハ：オルガン名曲集〉、〈バッハ：チェンバロ作品全曲シリーズ〉他多数。
BCJを率いて、またオルガン・チェンバロ奏者として海外公演も多い。最近では2006年アメリカ再演、ヨーロッパ公演（5ヶ国10都市）、2007年ドイツ｢ヨーロッパ教会音楽祭」、「アンスバッハ・バッハ週間」、イギリス「BBCプロムス」に出演し、さらに2008年11月ヨーロッパ・ツアー（7ヶ国11都市）、2009年1月カナリア諸島音楽祭での公演も成功に導くなど、各地で毎回高い評価を得ている。
海外での客演は、アカデミー・オブ・エンシェント・ミュージック（AAM）、オランダ・バッハ協会、シアトル交響楽団、オールドバラ音楽祭などに出演。2007年コレギウム・ヴォカーレ・ゲント＆フライブルク・バロック・オーケストラとの欧州公演で成功を収め、2008年4月、ブリテン・シンフォニアとのストラヴィンスキー・プログラムが地元紙他各メディアで絶賛されるなど、指揮者として活躍の場を国際的にますます広げている。またライプツィヒ国際バッハ・コンクール審査員、シュトゥットガルト・バッハ・アカデミー、オールドバラ音楽祭などでのマスタークラス講師を務める。
1999年度モービル音楽賞、第23回井植文化賞、2000年度第24回音楽之友社賞、2001年第42回毎日芸術賞、2001年ドイツ連邦共和国功労勲章功労十字小綬章。2003年辻荘一・三浦アンナ記念学術奨励金、平成20年度芸術選奨文部科学大臣賞受賞。
現在、東京芸術大学教授。神戸松蔭女子学院大学客員教授。2009年秋より、米国イェール大学教会音楽研究所客員教授